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칼크원

연도 중 퇴사한 경우 연말정산, 공제되는 항목과 안 되는 항목

운영자(Andy) · 발행 2026년 8월 17일 · 최종수정 2026년 8월 17일

한 줄 요약

중도퇴사자의 주요 공제액은 퇴사일까지 지출한 금액만으로 계산된다. 신용카드·의료비·교육비·보험료·건강보험료는 퇴사 다음 날부터의 지출이 전액 제외되며, 기부금·국민연금·연금저축은 연간 지출액 전부가 인정된다.

무엇이 적용되나

중도퇴사자 연말정산의 구조는 소득세법 네 개 조문과 국세기본법 한 개 조문으로 정리된다.

상황근거처리
퇴사하는 달소득세법 §137①회사가 퇴직하는 달의 근로소득 지급 시 정산
공제신고서 제출 시한소득세법 §140①퇴직한 날이 속하는 달의 근로소득을 받기 전
공제신고서 미제출소득세법 §137③본인 기본공제 + 표준세액공제(연 13만원)만 적용
같은 해 재취업소득세법 §138새 근무지가 종전 근무지 소득을 합산해 정산
그 해 미재취업소득세법 §70①다음 해 5월 1일~5월 31일 종합소득세 신고
신고 누락국세기본법 §45조의2납부기한 경과 후 5년 이내 경정청구

여기서 실제 환급액을 좌우하는 것은 신고 시점이 아니라 공제 항목의 기간 제한이다.

국세청은 중도 입·퇴사자에 대해 주택자금·신용카드 등 사용금액·주택마련저축 소득공제와 특별세액공제 중 보장성보험료·의료비·교육비를 “근로 제공기간 동안 지급한 비용에 한하여” 공제한다고 안내한다. 그 외 항목은 해당 과세기간 지출액 전부가 대상이다.

여기에 건강보험료·고용보험료 특별소득공제가 추가된다. 이 항목은 위 안내문 열거 목록에는 없고, 국세상담센터 Q&A와 예규(서면1팀-468, 서면1팀-476)가 근로제공기간 중 납입분에 한정한다고 본다. 근거 문서가 다르므로 아래 표에 출처를 구분해 표시했다.

항목별 공제 가능 여부

공제 항목근로제공기간 한정연간 전액근거
신용카드 등 사용금액●국세청 리플릿 / 집행기준 52-0-1
의료비 세액공제●국세청 리플릿 / 상담센터 Q&A
교육비 세액공제●국세청 리플릿
보장성보험료 세액공제●국세청 리플릿
주택임차차입금 원리금 상환액●국세청 리플릿
장기주택저당차입금 이자●국세청 리플릿
주택마련저축●국세청 리플릿
건강보험료·고용보험료●상담센터 Q&A / 서면1팀-468, 476
기부금 세액공제●국세청 특별세액공제 각주
국민연금 등 연금보험료●상담센터 Q&A
연금저축·IRP 연금계좌 세액공제●리플릿 “그 외 공제항목”
노란우산공제 부금 소득공제●리플릿 “그 외 공제항목”

국민연금과 건강보험료가 서로 다르게 처리된다는 점이 실무상 가장 자주 틀리는 부분이다. 건강보험료는 지역가입자 납부분이라도 근로제공기간 중 납부분만 공제되는 반면, 국민연금은 입사 전·퇴사 후 납부액까지 전액 포함된다.

중도퇴사자가 5월 신고에서 쓸 수 있는 가장 큰 항목은 연금계좌 세액공제다. 기간 제한이 없으므로 퇴사 후 12월까지 연금저축·IRP에 납입한 금액도 전액 대상이 된다.

내 경우엔 얼마인가

월 급여 300만원, 본인 기본공제 외 추가 공제가 없는 경우의 결정세액이다. 2026년 귀속 기본세율표와 근로소득공제 산식을 적용했다.

케이스 1 — 4월 말 퇴사 (총급여 1,200만원)

항목금액
총급여12,000,000원
근로소득공제6,300,000원
근로소득금액5,700,000원
본인 기본공제1,500,000원
과세표준4,200,000원
산출세액 (6%)252,000원
근로소득세액공제 (55%)138,600원
표준세액공제130,000원
결정세액0원 (공제액이 산출세액 초과)

케이스 2 — 8월 말 퇴사 (총급여 2,400만원)

항목금액
총급여24,000,000원
근로소득공제8,850,000원
근로소득금액15,150,000원
본인 기본공제1,500,000원
과세표준13,650,000원
산출세액 (6%)819,000원
근로소득세액공제 (55%)450,450원
표준세액공제130,000원
결정세액238,550원

케이스 3 — 12월까지 근속 (총급여 3,600만원)

항목금액
총급여36,000,000원
근로소득공제10,650,000원
근로소득금액25,350,000원
본인 기본공제1,500,000원
과세표준23,850,000원
산출세액2,317,500원
근로소득세액공제716,000원 (한도 적용)
표준세액공제130,000원
결정세액1,471,500원

세 케이스 비교

퇴사 시점총급여과세표준 구간결정세액
4월 말1,200만원1,400만원 이하 (6%)0원
8월 말2,400만원1,400만원 이하 (6%)238,550원
근속3,600만원1,400만~5,000만원 (15%)1,471,500원

근로소득 간이세액표는 해당 월급이 연중 계속된다고 가정해 원천징수액을 산정한다. 따라서 연중 퇴사하면 실제 결정세액이 이미 납부한 원천징수 합계액보다 낮아지는 경우가 많고, 그 차액이 환급된다.

단, 위 계산은 추가 공제를 전혀 반영하지 않은 최소 시나리오다. 의료비·신용카드 등을 근로제공기간 중 지출했다면 결정세액은 더 내려간다.

언제부터 적용되나

  • 공제 기간 제한 원칙: 상시 적용되는 규정이다. 소득세법 §137, §138, §140과 국세청 근로소득 안내에 따른 것으로 특정 시행일이 없다.
  • 2026년 귀속분 적용 시점: 2026년 1월 1일 이후 발생 소득부터. 2026년 중 퇴사자는 2026년 귀속으로 처리된다.
  • 신고 기한: 2026년 중 퇴사 후 미재취업 시 2027년 5월 1일 ~ 2027년 5월 31일.
  • 경정청구 기한: 연말정산세액 납부기한 경과 후 5년. 단 국세기본법 §45조의2⑤은 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우를 전제로 한다.

2026년 귀속부터 달라진 항목

국세청 「2026년 개정세법 해설」 기준이다.

항목변경 내용적용 시기
대학생 교육비 세액공제직계비속 등 소득요건 폐지2026.1.1. 이후 지출분
교육비 세액공제 대상예능학원·체육시설 교육비 추가 (9세 미만 또는 초등 2학년 이하)2026.1.1. 이후 지출분
신용카드 소득공제 한도자녀 1명당 50만원 상향(최대 100만원), 총급여 7천만원 초과자는 25만원(최대 50만원)2026.1.1. 이후 사용분
고향사랑기부금 세액공제율10만원 초과 20만원 이하 40%, 20만원 초과 2천만원 이하 15%. 특별재난지역 30% 적용 기준도 10만원 초과분에서 20만원 초과분으로 변경2026.1.1. 이후 기부분

교육비와 신용카드는 근로제공기간 한정 항목이므로 중도퇴사자에게는 확대 효과가 제한된다. 반면 고향사랑기부금은 기간 제한이 없어 퇴사 후 기부분도 공제 대상이다.

확정 여부 및 주의사항

확정 사항이다. 위 내용은 시행 중인 소득세법·국세기본법 조문과 국세청·국세상담센터 공개 자료에 근거한다. 국회 계류 중인 개정안 내용은 포함하지 않았다.

주의할 점은 다음과 같다.

  1. 2026년 귀속 연말정산 안내 책자는 2026년 8월 17일 기준 미발간이다. 국세청 최신 배포본은 2025년 귀속이다. 세부 서식과 한도는 연말 발간본으로 재확인해야 한다.
  2. 회사가 국민연금·건강보험료를 자동 반영해 준다는 국세청 명시 규정은 없다. 소득세법 §137③은 공제신고서 미제출 시 본인 기본공제와 표준세액공제만 적용한다고 규정한다.
  3. 월세 세액공제가 근로제공기간에 한정되는지는 국세청 1차 자료로 확인되지 않았다. 국세청 리플릿의 기간 한정 열거 목록에 월세액이 포함돼 있지 않다. 해당 사항은 126 또는 세무 전문가에게 확인할 것.
  4. 표준세액공제(13만원)와 특별소득공제·특별세액공제는 중복 적용되지 않는다. 둘 중 유리한 쪽을 선택한다.
  5. 위 계산은 추가 공제를 반영하지 않은 참고용 추정치다. 부양가족, 연금저축, 주택자금 등이 있으면 결과가 달라진다.

관련 가이드

출처

기준일: 2026-08-17. 조문 근거는 국가법령정보센터 원문, 공제 기간 제한과 세액 산식은 국세청·국세상담센터 공개 자료를 1차 출처로 확인했습니다. 케이스 3건의 결정세액은 현행 근로소득공제·기본세율·근로소득세액공제 산식으로 재계산해 대조했습니다. 2026년 귀속 연말정산 안내 책자는 아직 발간되지 않았으므로 세부 서식과 한도는 연말 발간본으로 재확인하시기 바랍니다. 본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 세무 상담을 대체하지 않습니다.

자주 묻는 질문

퇴사하면 회사가 연말정산을 해주나요?
해줍니다. 소득세법 제137조 제1항에 따라 회사는 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때 연말정산을 합니다. 다만 마지막 급여를 받기 전에 소득·세액 공제신고서를 내지 않으면, 같은 조 제3항에 따라 본인 기본공제와 표준세액공제 13만원만 반영된 상태로 정산이 끝납니다.
퇴사한 뒤에 쓴 신용카드와 병원비도 공제되나요?
되지 않습니다. 국세청은 중도 입·퇴사자의 신용카드 사용금액, 의료비, 교육비, 보장성보험료, 주택자금, 주택마련저축을 근로 제공기간 동안 지급한 비용에 한하여 공제한다고 안내합니다. 8월 말에 퇴사했다면 9월 1일 이후 지출분은 이 항목들에서 전액 제외됩니다.
퇴사 후에 낸 국민연금과 건강보험료는 공제받을 수 있나요?
국민연금은 되고 건강보험료는 안 됩니다. 국민연금 등 연금보험료 공제는 근로 기간과 무관하게 해당 과세기간 납부액 전액이 대상이며, 지역가입자 전환 후 납부분도 포함됩니다. 반면 건강보험료·고용보험료 특별소득공제는 근로제공기간 중 납입분에 한정됩니다(국세상담센터 Q&A, 서면1팀-468·476).
퇴사한 해에 재취업하면 연말정산은 어떻게 하나요?
새 회사가 전 직장 소득까지 합산해 정산합니다(소득세법 제138조). 이때 전 직장 근로소득 원천징수영수증이 필요한데, 2023년 8월 25일부터 중도퇴사자 지급명세서를 홈택스로 상시 제출할 수 있게 되어 회사가 제출했다면 다음 날부터 본인이 직접 조회·출력할 수 있습니다.
재취업을 안 했으면 언제 신고하나요?
2026년 중 퇴사 후 그 해에 재취업하지 않았다면 2027년 5월 1일부터 5월 31일까지 종합소득세 신고로 정산합니다(소득세법 제70조 제1항). 다만 근로소득만 있는 사람은 확정신고 예외 대상이므로(제73조 제1항 제1호) 이는 의무가 아니라 빠진 공제를 반영해 환급받기 위한 자발적 신고입니다.
5월 신고를 놓치면 끝인가요?
아닙니다. 국세기본법 제45조의2에 따라 경정청구를 할 수 있고 기한은 5년입니다. 근로자의 경우 기산점이 연말정산세액 납부기한 경과 후로 잡힙니다. 단 같은 조 제5항은 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우를 전제로 하므로, 회사의 제출 여부를 먼저 확인해야 합니다.
중도퇴사자가 기간 제한 없이 쓸 수 있는 공제는 무엇인가요?
기부금 세액공제, 국민연금 등 연금보험료 공제, 연금저축·IRP 연금계좌 세액공제, 노란우산공제 부금 소득공제입니다. 국세청 안내문이 근로제공기간으로 한정한 항목 외에는 해당 과세기간 지출액 전부가 공제 대상입니다. 이 중 연금계좌 세액공제가 퇴사 후 남은 기간에 활용할 수 있는 가장 큰 항목입니다.